Kiểm tra nhiễm bệnh Covid-19 (SARS-CoV-2)

VIỆN Y TẾ QUỐC GIA HOA KỲ
(National Institutes of Health)

CHỦ BIÊN BẢN DỊCH TIẾNG VIỆT:
PGS. TS. Lương Ngọc Khuê
BIÊN DỊCH:
Thạc sĩ Bác sĩ Đào Thị Mỹ Vân.

NHÀ XUẤT BẢN Y HỌC
HÀ NỘI – 2021.

• Thạc sĩ Bác sĩ Lê Sinh Quân: Chuyên viên Phòng Quản lý chất lượng và Chỉ đạo tuyến – Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
• Thạc sĩ Lương Bảo Khánh:Chuyên viên Phòng Quản lý chất lượng và Chỉ đạo tuyến – Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
• Bác sĩ Hà Thái Sơn: Chuyên viên Phòng Quản lý chất lượng và Chỉ đạo tuyến – Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.

Tóm tắt khuyến nghị

Để chẩn đoán nhiễm cấp tính do SARS-CoV-2, Ban Hướng dẫn Điều trị SARS-COV-2 (Ban Hội thẩm) khuyến nghị sử dụng xét nghiệm khuếch đại acid nucleic (NAAT) với mẫu được thu thập từ đường hô hấp trên (tức là mũi họng, mũi, hoặc bệnh phẩm hầu họng) (AIII).

Đối với người lớn được đặt nội khí quản và thở máy nghi ngờ mắc COVID-19 nhưng chưa có chẩn đoán xác định:

• Ban Hội thẩm khuyến nghị lấy mẫu đường hô hấp dưới để chẩn đoán COVID-19 nếu mẫu đường hô hấp trên ban đầu âm tính (BII).
• Ban Hội thẩm khuyến nghị lấy dịch hút nội khí quản qua dịch rửa phế quản hoặc dịch rửa phế quản phế nang khi lấy mẫu đường hô hấp dưới để chẩn đoán COVID-19 (BII).

Không nên lặp lại NAAT ở một người không có triệu chứng trong vòng 90 ngày kể từ khi bị nhiễm SARS-CoV-2 trước đó, ngay cả khi người đó đã tiếp xúc đáng kể với SARS-CoV-2 (AIII).

Tái nhiễm SARS-CoV-2 đã được báo cáo ở những người đã được chẩn đoán ban đầu về nhiễm trùng; do đó, NAAT nên được xem xét cho những người đã hồi phục sau lần nhiễm trùng trước đó và những người có các triệu chứng tương thích với nhiễm trùng SARS-CoV-2 nếu không có chẩn đoán thay thế (BIII).

Ban hội thẩm khuyến cáo không nên sử dụng xét nghiệm huyết thanh học (tức là kháng thể) làm cơ sở duy nhất để chẩn đoán nhiễm SARS-CoV-2 cấp tính (AIII).

Ban Hội thẩm khuyến cáo không nên sử dụng xét nghiệm huyết thanh học (tức là kháng thể) để xác định xem một người có miễn dịch với SARS-CoV-2 (AIII) hay không.

Xếp hạng các Khuyến nghị: A = Khuyến nghị mạnh mẽ cho tuyên bố; B = Khuyến nghị vừa phải cho tuyên bố; C = Khuyến nghị tùy chọn cho tuyên bố.

Xếp hạng Bằng chứng: I = Một hoặc nhiều thử nghiệm ngẫu nhiên không có giới hạn lớn; IIa = Các thử nghiệm ngẫu nhiên khác hoặc phân tích nhóm con của các thử nghiệm ngẫu nhiên; IIb = Các thử nghiệm lâm sàng đối chứng không ngẫu nhiên hoặc các nghiên cứu thuần tập quan sát; III = Ý kiến chuyên gia.

Xét nghiệm chẩn đoán nhiễm SARS-CoV-2

Tất cả những người có các triệu chứng phù hợp với COVID-19, cũng như những người đã biết phơi nhiễm nguy cơ cao với SARS-CoV-2, nên được xét nghiệm để xác định nhiễm SARS-CoV-2. Nên thực hiện thử nghiệm khuếch đại acid nucleic (NAAT) hoặc thử nghiệm kháng nguyên để phát hiện SARS-CoV-2. Tốt nhất, xét nghiệm chẩn đoán cũng nên được thực hiện đối với những người có nguy cơ tiếp xúc nhiều lần với SARS-CoV-2, chẳng hạn như nhân viên chăm sóc sức khỏe và người phản ứng đầu tiên. Kiểm tra cũng nên được cân nhắc cho những cá nhân dành thời gian trong môi trường đông dân cư (ví dụ: giáo viên, sinh viên, công nhân ngành thực phẩm) và cho khách du lịch. Các yêu cầu kiểm tra có thể khác nhau tùy theo chính sách của tiểu bang, địa phương và nhà tuyển dụng. Du khách có thể cần bằng chứng về kết quả xét nghiệm âm tính gần đây để vào một số tiểu bang hoặc quốc gia; tài liệu đó có thể là một sự thay thế có thể chấp nhận được cho việc kiểm dịch khi đến nơi.

Một số xét nghiệm chẩn đoán nhiễm SARS-CoV-2 (ví dụ: NAATs, xét nghiệm kháng nguyên) đã nhận được Giấy phép sử dụng khẩn cấp (EUA) từ Cơ quan Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm (FDA), 1 nhưng không có xét nghiệm chẩn đoán nào được FDA chấp thuận.

Mặc dù các mẫu xét nghiệm mũi họng vẫn là mẫu được khuyến nghị để xét nghiệm chẩn đoán SARS-CoV-2, nhưng các mẫu phết mũi (mũi trước hoặc mũi giữa) hoặc hầu họng là những lựa chọn thay thế có thể chấp nhận được.2 Mẫu đường hô hấp dưới có độ chính xác cao hơn mẫu đường hô hấp trên, nhưng chúng thường ít thực hiện vì lo ngại về tạo khí dung trong quá trình thu thập mẫu. Một số xét nghiệm đã nhận được EUA cũng có thể được thực hiện trên các mẫu nước bọt. Các nghiên cứu hiện đang đánh giá việc sử dụng các loại mẫu khác, bao gồm cả mẫu phân. Một số xét nghiệm đã nhận được EUA cho phép tự lấy mẫu tại nhà, nhưng những mẫu này phải được gửi đến phòng xét nghiệm để xử lý. Ngoài ra, một số xét nghiệm cho phép nhân viên được đào tạo thu thập và xét nghiệm các mẫu bệnh phẩm trong các môi trường phi kỹ thuật, chẳng hạn như tại nhà hoặc trong các cơ sở điều dưỡng hoặc cơ sở sinh hoạt được hỗ trợ. Điều này cho phép thu được kết quả kháng nguyên theo thời gian thực tại chỗ.

Thử nghiệm khuếch đại acid nucleic (NAAT) để tìm nhiễm SARS-CoV-2

Các xét nghiệm chẩn đoán dựa trên phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược (RT-PCR) (phát hiện acid nucleic của virus) được coi là tiêu chuẩn vàng để phát hiện nhiễm SARS-CoV-2 hiện nay. Gần đây hơn, NAAT đã bao gồm nhiều nền tảng bổ sung khác nhau (ví dụ: khuếch đại đẳng nhiệt qua trung gian enzym sao chép ngược [RT- LAMP]). Về mặt lâm sàng, có thể có một khoảng thời gian cửa sổ lên đến 5 ngày sau khi phơi nhiễm trước khi các acid nucleic của virus có thể được phát hiện. Về mặt chẩn đoán, một số NAAT có thể tạo ra kết quả âm tính giả nếu một đột biến xảy ra trong bộ gen của virus được đánh giá bằng xét nghiệm đó.3 FDA giám sát các tác động tiềm tàng của các biến thể di truyền SARS-CoV-2 đối với kết quả NAAT và đưa ra các bản cập nhật khi các biến thể cụ thể có thể ảnh hưởng đến hiệu suất của NAATs thứ Cho phép sử dụng khẩn cấp (EUA). Nói chung, kết quả âm tính giả có nhiều khả năng xảy ra hơn khi sử dụng NAATs chỉ dựa trên một mục tiêu di truyền. Do đó, một kết quả xét nghiệm âm tính duy nhất không loại trừ khả năng nhiễm SARS-CoV-2 ở những người có khả năng lây nhiễm cao dựa trên tiền sử phơi nhiễm và/ hoặc biểu hiện lâm sàng của họ. 4

Nhiều NAAT thương mại sử dụng RT-PCR dựa vào nhiều mục tiêu để phát hiện virus, do đó ngay cả khi một đột biến tác động đến một trong các mục tiêu, các mục tiêu RT-PCR khác vẫn hoạt động. 5 NAAT sử dụng nhiều mục tiêu ít có khả năng bị ảnh hưởng bởi sự gia tăng sự phổ biến của các biến thể di truyền. Trên thực tế, vì mỗi xét nghiệm này nhắm mục tiêu đến nhiều vị trí trên bộ gen của virus, chúng có thể hữu ích trong việc xác định các biến thể di truyền mới trước khi chúng phổ biến trong dân số. Ví dụ, biến thể B.1.1.7 có liên quan đến tăng di truyền mang nhiều đột biến, bao gồm cả sự mất đoạn kép ở vị trí 69 và 70 trên gen đột biến protein (gen S). Đột biến này dường như tác động đến việc phát hiện gen S nhưng không ảnh hưởng đến các mục tiêu di truyền khác trong một số NAAT nhất định. Nếu vẫn nghi ngờ COVID-19 sau khi bệnh nhân nhận được kết quả xét nghiệm âm tính, các bác sĩ lâm sàng nên xem xét việc lặp lại xét nghiệm; lý tưởng nhất là họ nên sử dụng NAAT với các mục tiêu di truyền khác nhau.3

SARS-CoV-2 đặt ra một số thách thức chẩn đoán, bao gồm khả năng lây lan virus trái ngược nhau từ đường hô hấp trên so với đường hô hấp dưới. Tuy nhiên, do độ đặc hiệu cao của NAAT, kết quả dương tính trên NAAT của mẫu đường hô hấp trên từ một bệnh nhân có các triệu chứng tương thích với SARS-CoV-2 gần đây là đủ để chẩn đoán SARS-COV-2. Ở những bệnh nhân COVID-19, hội chứng hô hấp cấp tính nặng (SARS) và hội chứng hô hấp Trung Đông (MERS), bệnh phẩm đường hô hấp dưới có tải lượng virus cao hơn và do đó độ nhạy cao hơn so với bệnh phẩm đường hô hấp trên. Những bệnh nhân được thở máy có các dấu hiệu và triệu chứng lâm sàng phù hợp với bệnh viêm phổi COVID-19, Ban Hướng dẫn Điều trị COVID-19 (Ban hội thẩm) khuyến nghị lấy mẫu đường hô hấp dưới để chẩn đoán COVID-19 nếu ban đầu mẫu đường hô hấp trên âm tính (BII). Ban hội thẩm khuyến cáo nên lấy mẫu hút nội khí quản qua rửa phế quản hoặc rửa phế quản phế nang (BAL) khi lấy mẫu đường hô hấp dưới để chẩn đoán COVID-19 (BII).

BAL và lấy mẫu đàm là các quy trình tạo khí dung chỉ nên được thực hiện sau khi đã cân nhắc cẩn thận về nguy cơ để nhân viên tiếp xúc với các dòng khí dung lây nhiễm. Hút nội khí quản dường như có nguy cơ tạo khí dung thấp hơn so với BAL, và một số chuyên gia cho rằng độ nhạy và độ đặc hiệu của hút nội khí quản và mẫu BAL có thể như nhau trong việc phát hiện SARS-CoV-2.

Thử nghiệm khuếch đại acid nucleic cho từng cá nhân có kết quả xét nghiệm SARS- CoV-2 dương tính trước đó

NAATs có thể phát hiện SARS-CoV-2 RNA trong các mẫu bệnh phẩm thu được vài tuần đến vài tháng sau khi bắt đầu xuất hiện các triệu chứng COVID-19. 13,14 Tuy nhiên, phục hồi khả năng sao chép của virus > 10 ngày kể từ khi bắt đầu có triệu chứng ở những người bị bệnh nhẹ và > 20 ngày ở những người mắc bệnh nặng là rất thấp.15,16 Hơn nữa, cả nghiên cứu virus học và truy vết những người tiếp xúc có nguy cơ cao đều cho thấy nguy cơ thấp để truyền SARS-CoV-2 sau những khoảng thời gian này. 17,18 Dựa trên những kết quả này, Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh (CDC) khuyến cáo không nên lặp lại NAATs ở những người không có triệu chứng trong vòng 90 ngày kể từ lần nhiễm trùng SARS-CoV-2 trước đó, ngay cả khi người đó đã tiếp xúc đúng nghĩa với SARS-CoV-2 (AIII).19 Nếu có lo ngại rằng nhân viên chăm sóc sức khỏe bị suy giảm miễn dịch vẫn có thể bị lây nhiễm > 20 ngày kể từ khi bắt đầu nhiễm SARS-CoV-2, cần tư vấn với nhân viên y tế địa phương về các chính sách xét nghiệm khi trở lại làm việc.

Tái nhiễm SARS-CoV-2 đã được báo cáo ở những người được chẩn đoán ban đầu về nhiễm trùng; do đó, NAAT nên được xem xét cho những người đã hồi phục sau lần nhiễm trùng trước đó và những người có các triệu chứng tương thích với nhiễm trùng SARS-CoV-2 nếu không có chẩn đoán thay thế (BIII). Tuy nhiên, cần lưu ý rằng những người bị nhiễm SARS-CoV-2 có thể có kết quả âm tính với NAAT ban đầu và sau đó có kết quả dương tính trong lần xét nghiệm tiếp theo do sự gián đoạn RNA virus chứ không phải do tái nhiễm.13 Khi kết quả cho lần xét nghiệm ban đầu và xét nghiệm tiếp theo là dương tính, dữ liệu trình tự virus so sánh từ hai xét nghiệm là cần thiết để phân biệt giữa sự hiện diện dai dẳng của các mảnh virus và sự tái nhiễm. Trong trường hợp không có dữ liệu trình tự virus, giá trị ngưỡng chu kỳ (Ct) từ kết quả NAAT dương tính có thể cung cấp thông tin về việc nhiễm trùng mới phát hiện có liên quan đến sự tồn tại của các mảnh virus hay tái nhiễm. Giá trị Ct là số chu kỳ PCR mà mục tiêu acid nucleic trong mẫu có thể phát hiện được. Nói chung, giá trị Ct tỷ lệ nghịch với tải lượng virus SARS-CoV-2. Vì tiện ích lâm sàng của các giá trị Ct là một lĩnh vực đang được điều tra tích cực, nên cần tham khảo ý kiến chuyên gia nếu các giá trị này được sử dụng để hướng dẫn các quyết định lâm sàng.

Xét nghiệm kháng nguyên để tìm nhiễm SARS-CoV-2

Các xét nghiệm chẩn đoán dựa trên kháng nguyên (phát hiện kháng nguyên virus) kém nhạy hơn xét nghiệm dựa trên RT-PCR, nhưng chúng có độ đặc hiệu cao tương tự. Các xét nghiệm kháng nguyên thực hiện sớm nhất trong quá trình nhiễm SARS-CoV-2 có triệu chứng, khi tải lượng virus được cho là cao nhất. Ưu điểm của các xét nghiệm dựa trên kháng nguyên là chi phí thấp và thời gian quay vòng nhanh chóng. Sự có kết quả ngay lập tức làm cho xét nghiệm kháng nguyên trở thành một lựa chọn hấp dẫn cho việc kiểm tra tại điểm chăm sóc trong các cơ sở tập trung rủi ro cao, nơi việc ngăn chặn sự lây truyền là rất quan trọng. Các xét nghiệm dựa trên kháng nguyên cũng cho phép xét nghiệm lặp lại để nhanh chóng xác định những người bị nhiễm SARS-CoV-2.

Ngày càng có nhiều dữ liệu để hướng dẫn việc sử dụng các xét nghiệm kháng nguyên làm xét nghiệm sàng lọc để phát hiện hoặc loại trừ nhiễm SARS-CoV-2 ở những người không có triệu chứng, hoặc để xác định liệu một người trước đó đã được xác nhận nhiễm SARS-CoV-2 có còn lây nhiễm hay không. CDC đã phát triển một thuật toán kiểm tra kháng nguyên cho những người có các triệu chứng của COVID-19, những người không có triệu chứng và có tiếp xúc gần với người nhiễm SARS-COV-2 và những người không có triệu chứng và không biết tiếp xúc với một người có SARS-COV-2. [20]

Thuật toán kiểm tra CDC đề xuất NAATs bổ sung khi một người bị nghi ngờ nhiễm SARS-CoV-2 (tức là một người có triệu chứng) nhận được kết quả âm tính và khi một người không có triệu chứng nhận được kết quả dương tính. Các xét nghiệm kháng nguyên có thể mang lại kết quả dương tính giả vì nhiều lý do, bao gồm:

• Không tuân thủ đầy đủ các hướng dẫn về cách thực hiện xét nghiệm kháng nguyên (ví dụ: đọc kết quả ngoài khoảng thời gian quy định hoặc cất giữ hộp/thẻ xét nghiệm không thích hợp).
• Trở ngại cho xét nghiệm do kháng thể của người (ví dụ, yếu tố dạng thấp hoặc các kháng thể không đặc hiệu khác).
• Sử dụng trong các cộng đồng có tỷ lệ nhiễm SARS-CoV-2 thấp.

Xét nghiệm huyết thanh hoặc kháng thể để chẩn đoán nhiễm SARS-CoV-2

Không giống như NAATs và các xét nghiệm kháng nguyên cho SARS-CoV-2 phát hiện sự hiện diện của virus, các xét nghiệm huyết thanh hoặc kháng thể có thể phát hiện nhiễm SARS-CoV-2 gần đây hoặc trước đó. Bởi vì có thể mất 21 ngày hoặc lâu hơn sau khi có triệu chứng để chuyển đổi huyết thanh xảy ra (tức là sự phát triển của kháng thể immunoglobulin [Ig] M và/hoặc IgG có thể phát hiện được đối với SARS- CoV-2), 21-26 Ban hội thẩm không khuyến nghị xét nghiệm huyết thanh là cơ sở duy nhất để chẩn đoán nhiễm trùng SARS-CoV-2 cấp tính (AIII). Vì NAATs và các xét nghiệm kháng nguyên đối với SARS-CoV-2 đôi khi mang lại kết quả âm tính giả, các xét nghiệm huyết thanh học đã được sử dụng ở một số cơ sở như một xét nghiệm chẩn đoán bổ sung cho những bệnh nhân bị nghi ngờ nhiễm SARS-CoV-2. Sử dụng xét nghiệm huyết thanh kết hợp với NAAT để phát hiện IgG hoặc tổng kháng thể từ 3 đến 4 tuần sau khi khởi phát triệu chứng sẽ tối đa hóa độ nhạy và độ đặc hiệu để phát hiện nhiễm trùng trong quá khứ.

Không có xét nghiệm huyết thanh học nào cho SARS-CoV-2 được FDA chấp thuận; một số, nhưng không phải tất cả, các xét nghiệm huyết thanh có sẵn trên thị trường đối với SARS-CoV-2 đã nhận được EUA từ FDA.1 Một số hiệp hội nghề nghiệp và cơ quan liên bang, bao gồm Hiệp hội Bệnh truyền nhiễm Hoa Kỳ, CDC và FDA, cung cấp hướng dẫn về sử dụng xét nghiệm huyết thanh học SARS-CoV-2.

Một số yếu tố cần được xem xét khi sử dụng các xét nghiệm huyết thanh đối với SARS-CoV-2, bao gồm:

• Các đặc điểm thực hiện quan trọng của nhiều xét nghiệm huyết thanh học có bán trên thị trường chưa được mô tả đầy đủ, bao gồm cả độ nhạy và độ đặc hiệu của các xét nghiệm này (tức là tỷ lệ kết quả dương tính thực sự và âm tính thực sự). Các xét nghiệm huyết thanh học có FDA EUA nên được sử dụng cho y tế công cộng và sử dụng trong lâm sàng. Đang tiến hành so sánh chính thức các xét nghiệm huyết thanh học.
• Hai loại xét nghiệm huyết thanh đã nhận được EUA từ FDA. Loại đầu tiên là các xét nghiệm kháng thể phát hiện sự hiện diện của các kháng thể liên kết, các kháng thể này liên kết với mầm bệnh (ví dụ: virus). Loại xét nghiệm thứ hai phát hiện các kháng thể trung hòa do nhiễm SARS-CoV-2 gần đây hoặc trước đó. Hiện chưa biết loại xét nghiệm nào có ý nghĩa lâm sàng hơn.
• Các xét nghiệm huyết thanh học có thể phát hiện các kháng thể IgM, IgG, IgA, và/hoặc tổng số, hoặc sự kết hợp của các kháng thể IgM và IgG. Các xét nghiệm huyết thanh học phát hiện IgG và tổng số kháng thể có độ đặc hiệu cao hơn để phát hiện nhiễm trùng trong quá khứ so với các xét nghiệm phát hiện kháng thể IgM và/hoặc IgA hoặc sự kết hợp của các kháng thể IgM và IgG.
• Kết quả xét nghiệm dương tính giả có thể xảy ra do phản ứng chéo từ các kháng thể đã có từ trước với các coronavirus khác.

Xét nghiệm huyết thanh học và khả năng miễn dịch đối với nhiễm SARS-CoV-2

Ban hội thẩm khuyến cáo không nên sử dụng xét nghiệm huyết thanh học để xác định xem một người có miễn dịch với nhiễm trùng SARS-CoV-2 (AIII) hay không. Nếu kháng thể SARS-CoV-2 được phát hiện trong quá trình xét nghiệm huyết thanh học, kết quả phải được giải thích một cách thận trọng vì những lý do sau:

• Không rõ kháng thể tồn tại bao lâu sau khi nhiễm trùng; và
• Không rõ liệu sự hiện diện của các kháng thể có tạo ra khả năng miễn dịch bảo vệ chống lại sự lây nhiễm trong tương lai hay không.

Trong các cộng đồng có tỷ lệ nhiễm SARS-CoV-2 thấp, tỷ lệ kết quả xét nghiệm dương tính là dương tính giả có thể khá cao. Trong những tình huống này, xét nghiệm khẳng định bằng cách sử dụng một xét nghiệm kháng thể riêng biệt, lý tưởng là xét nghiệm sử dụng mục tiêu kháng nguyên khác (ví dụ, nucleocapsid phosphoprotein nếu xét nghiệm đầu tiên nhắm mục tiêu đến protein đột biến), về cơ bản có thể cải thiện xác suất những người có kết quả xét nghiệm dương tính là dương tính với kháng thể.

Giả sử rằng xét nghiệm là đáng tin cậy, các xét nghiệm huyết thanh xác định nhiễm SARS-CoV-2 gần đây hoặc trước đó có thể được sử dụng để:

• Phân biệt các phản ứng của kháng thể SARS-CoV-2 đối với nhiễm trùng tự nhiên với các phản ứng của kháng thể do vaccin gây ra đối với kháng nguyên protein tăng đột biến SARS-CoV-2. Bởi vì protein nucleocapsid không phải là thành phần của vaccin hiện có sẵn thông qua EUA hoặc trong các thử nghiệm lâm sàng giai đoạn cuối, các xét nghiệm huyết thanh phát hiện kháng thể bằng cách nhận biết protein nucleocapsid có thể được sử dụng để phân biệt phản ứng của kháng thể với nhiễm trùng tự nhiên với phản ứng của kháng thể do vaccin gây ra.
• Xác định ai có thể đủ điều kiện để hiến huyết tương ở giai đoạn hồi phục.
• Ước tính tỷ lệ dân số đã tiếp xúc với SARS-CoV-2.

Dựa trên kiến thức hiện tại, không nên sử dụng các xét nghiệm huyết thanh để (AIII):

• Đưa ra quyết định về cách phân nhóm mọi người trong các môi trường tập trung (ví dụ: trường học, ký túc xá, cơ sở cải huấn).
• Xác định xem mọi người có thể quay lại nơi làm việc hay không.
• Đánh giá tình trạng nhiễm trùng trước đó chỉ để xác định xem có nên tiêm chủng cho một cá nhân hay không.
• Đánh giá khả năng miễn dịch đối với SARS-CoV-2 sau khi tiêm chủng, ngoại trừ trong các thử nghiệm lâm sàng.

Thông tin tham khảo

1. Food and Drug Administration. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) emergency use authorizations for medical devices. 2020. Available at: https://www.fda.gov/medical- devices/emergency-situations-medicaldevices/emergency-use-authorizations. Accessed February 4, 2021.

2. Centers for Disease Control and Prevention. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimens from persons for coronavirus disease 2019 (COVID-19). 2020. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/guidelines-clinical-specimens.html. Accessed February 4, 2021.

3. Food and Drug Administration. Genetic variants of SARS-CoV-2 may lead to false negative results with molecular tests for detection of SARS-CoV-2—letter to clinical laboratory staff and health care providers. 2021. Available at: https://www.fda.gov/medical-devices/letters-health-care-providers/genetic-variants-sarscov-2-may-lead-false-negative-results-molecular-tests-detection-SARS-CoV-2. Accessed March 15, 2021.

4. Kucirka LM, Lauer SA, Laeyendecker O, Boon D, Lessler J. Variation in false- negative rate of reverse transcriptase polymerase chain reaction-based SARS-CoV-2 tests by time since exposure. Ann Intern Med. 2020;173(4):262-267. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32422057.

5. Centers for Disease Control and Prevention. Science brief: emerging SARS- CoV-2 variants. 2021. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/more/science-and-research/scientific-brief-emerging-variants.html. Accessed March 15, 2021.

6. Chan PK, To WK, Ng KC, et al. Laboratory diagnosis of SARS. Emerg Infect Dis. 2004;10(5):825-831. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15200815.

7. Tang P, Louie M, Richardson SE, et al. Interpretation of diagnostic laboratory tests for severe acute respiratory syndrome: the Toronto experience. CMAJ. 2004;170(1):47-54. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14707219.

8. Memish ZA, Al-Tawfiq JA, Makhdoom HQ, et al. Respiratory tract samples, viral load, and genome fraction yield in patients with Middle East respiratory syndrome. J Infect Dis. 2014;210(10):1590-1594. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24837403.

9. Centers for Disease Control and Prevention. Overview of testing for SARS-CoV-2 (COVID-19). 2020 Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/hcp/clinical-criteria.html. Accessed February 4, 2021.

10. Centers for Disease Control and Prevention. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimens from persons under investigation (PUIs) for Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV)–Version 2.1. 2019. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/mers/guidelines-clinicalspecimens.html. Accessed February 4, 2021.

11. Hase R, Kurita T, Muranaka E, Sasazawa H, Mito H, Yano Y. A case of imported COVID-19 diagnosed by PCR-positive lower respiratory specimen but with PCR-negative throat swabs. Infect Dis (Lond). 2020:1-4. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32238024.

12. Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020;323(18):1843-1844. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32159775.

13. Xiao AT, Tong YX, Zhang S. Profile of RT-PCR for SARS-CoV-2: a preliminary study from 56 SARS-COV-2 patients. Clin Infect Dis. 2020;71(16):2249-2251. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32306036.

14. Rhee C, Kanjilal S, Baker M, Klompas M. Duration of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infectivity: when is it safe to discontinue isolation? Clin Infect Dis. 2020;Published online ahead of print. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33029620.

15. Arons MM, Hatfield KM, Reddy SC, et al. Presymptomatic SARS-CoV-2 infections and transmission in a skilled nursing facility. N Engl J Med. 2020;382(22):2081-2090. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32329971.

16. Bullard J, Dust K, Funk D, et al. Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples. Clin Infect Dis. 2020;71(10):2663-2666. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32442256.

17. Cheng HY, Jian SW, Liu DP, et al. Contact tracing assessment of COVID-19 transmission dynamics in Taiwan and risk at different exposure periods before and after symptom onset. JAMA Intern Med. 2020;180(9):1156-1163. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32356867.

18. Korean Disease Control and Prevention Agency. Findings from investigation and analysis of re-positive cases [press release]. 2020. Available at: https://www.cdc.go.kr/board/board.es?mid=a30402000000&bid=0030.

19. Centers for Disease Control and Prevention. Duration of isolation and precautions for adults with COVID-19. 2020. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/duration-isolation.html. Accessed January 7, 2021.

20. Centers for Disease Control and Prevention. Interim guidance for antigen testing for SARS-CoV-2. 2020. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen- tests-guidelines.html. Accessed January 7, 2021.

21. Guo L, Ren L, Yang S, et al. Profiling early humoral response to diagnose novel coronavirus disease (COVID-19). Clin Infect Dis. 2020;71(15):778-785. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32198501.

22. Haveri A, Smura T, Kuivanen S, et al. Serological and molecular findings during SARS-CoV-2 infection: the first case study in Finland, January to February 2020. Euro Surveill. 2020;25(11). Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32209163.

23. Long QX, Liu BZ, Deng HJ, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients with COVID-19. Nat Med. 2020;26(6):845-848. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32350462.

24. Okba NMA, Muller MA, Li W, et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2-specific antibody responses in coronavirus disease patients. Emerg Infect Dis. 2020;26(7):1478- 1488. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32267220.

25. Xiang F, Wang X, He X, et al. Antibody detection and dynamic characteristics in patients with COVID-19. Clin Infect Dis. 2020;71(8):1930-1934. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32306047.

26. Zhao J, Yuan Q, Wang H, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019. Clin Infect Dis. 2020;71(16):2027-2034. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32221519.